首先，原理不同。有源濾波器是通過向電網中注入與原有諧波電流幅值相等、相位相同、方向相反的電流，使流入電源的總諧波電流為零；無源濾波器是根據電容電阻固有的阻抗特性，對某一特定頻率的諧波呈低阻抗，為負載諧波電流提供較低的阻抗通道，與電網抗形成分流關系，使大部分該頻率的諧波電流流入濾波器而不流入電網。
其次，效果不同。有源濾波器的濾波效果可達95%左右，可動態濾除諧波的同時又能夠抑制閃變并補償無功功率；而無源濾波器的濾波效果在65%左右，只能濾除某一次或多次特定頻率諧波。
再次，價格不同。無源濾波器的結構簡單，成本較低；有源濾波器濾波效率高，相對無源來講會稍貴一點，但是隨著時代的發展，產品質量和技術都在提高。